مشکلات خواب در کودکان اتیسم دلایل زیادي دارد و اغلب چند عاملی هستند.

از جمله دلایل شایع مشکلات خواب میتوان به علل نوروبیولوژیکی، علل پزشکی (روانپزشکی و داروها) و علل رفتاري اشاره کرد.
 

در مورد علت شناسی اختلالات خواب در کودکان اتیسم، چندین نظریه وجود دارد:

۱. نقص در دریافت نشانه های اجتماعی: با وجود اینکه افراد براساس چرخه طبیعی روشنایی، تاریکی و آهنگ شبانه روزی برای خواب آماده می شوند، اما آنها نیز نشانه های اجتماعی استفاده میکنند. به عنوان مثال: کودکان ممکن است افراد خانواده خود را در حال آماده شدن برای خواب ببینند و تقلید نمایند. حال آنکه نقص در ارتباطات و عدم دریافت خودبه خودی نشانه ها از اصلیترین مشکلات کودکان اتیسم است.

۲. نقص در کارکرد هورمون ملاتونین در بدن: این هورمون به تنظیم چرخه خواب و بیداری در بدن کمک میکند. برای ساخته شدن این هورمون، بدن نیازمند یک اسید آمینه به نام تریپتوفان است که تحقیقات نشان داده است سطح این ماده در کودکان اتیسم بالاتر یا پایین تر از حد طبیعی است. به طور معمول، سطح ملاتونین در طول روز کاهش و در شب افزایش مییابد. مطالعات نشان داده است که در برخی از کودکان دارای اختلال طیف اتیسم این هورمون در زمان مناسب آزاد نمی شود، در واقع در طول روز سطح این هورمون افزایش و در طول شب کاهش می یابد.

۳. افزایش حساسیت نسبت به محرک های خارجی: به دلیل بالا بودن حساسیت  برخی از کودکان اتیسم به محرکهای بیرونی مانند لمس، صدا و یا نور، ممکن است این کودکان در زمان خواب با کوچکترین محرکی از خواب بیدار شده و  ابراز ناراحتی و یا بدخلقی نمایند.

۴. اضطراب: یکی دیگر از عوامل موثر در خواب میزان اضطراب در فرد است. بر اساس تحقیقات انجام شده کودکان دارای اختلال طیف اتیسم به سطح بالاتری از اضطراب دچار هستند.

عدم خواب خوب و با کیفیت در شب میتواند بر زندگی روزمره کودک و سلامت او تاثیر گذارد. تحقیقات نشان داده اند که بین کمبود خواب مناسب در کودکان دارای اتیسم با پرخاشگری، بیش فعالی، افزایش مشکلات رفتاری، کج خلقی، تحریکپذیری، ضعف در یادگیری و عملکردهای شناختی در آنها و همچنین کیفیت پایین خواب در والدین آنان ارتباط معناداری وجود دارد